コミック原作のアニメだが、コミックの方は見ていないので、またセカンドシーズンは現在放映中なので、主にアニメのファーストシーズンについて。
本作はとある人の体の中で、細胞たちがどのように人体を維持しているか、細胞を擬人化してその働きがストーリーになっている。
主人公は赤血球（正確にはナンバーがついており、無数の赤血球が存在しているが、作中で単に「赤血球」と呼ばれる固有の一人）。若い女性でまだ新人という設定。仕事は酸素と二酸化炭素を運ぶこと。
時々道に迷ったりウイルスに脅されたりするが、親切で真面目でストイックでイケメンな白血球に助けられたりして、日々仕事に邁進している。
この赤血球がどんなルートをたどって酸素を入手して各細胞に届け、二酸化炭素をもらい受けて肺へ運んでいくか、というようなストーリーが描かれており、先の白血球（若い男性）や血小板（幼女）、マクロファージ（美人）、キラーＴ細胞（体育会系）などがすべて擬人化され、そのやり取りで人体が維持されている。
もちろん健康な時だけではなく、時には肺炎球菌が襲ってきたり、時には花粉アレルギーになり、という体内の様子が描かれている。
ドジだけど真面目で頑張り屋の可愛い赤血球が奮闘すると同時に、躊躇することなく専門用語を使って体内で起きていることをわかりやすく表すと同時に解説で補足を入れるやり方はとてもスマートで、しかも面白く観られるのが画期的。特に同じ種類が無数に存在する細胞にキャラ要素を成立させたのはすごい。見るたびに感心してしまう。ファーストシーズンのオープニングはそのキャラたち（のキャストボイス（声優））が歌うという趣向でこれまた人気になり、カラオケで何度も歌ってしまったほど。
ありそうでなかったこの描き方は放映当時反響を呼び、当該期アニメ番組の人気ナンバーワンに輝いた。
現在セカンドシーズン、および不摂生している体内で働いており、非常に悪い環境でこき使われている、さながらブラック企業に入社してしまった新人さんたちの悲劇を描くかのような別の赤血球さんたちのスピンオフ「はたらく細胞BLACK」も絶賛放映中。ぜひ見るべし。
